Eskişehir il ve ilçelerinden toplanan kültür varlıkları ile 1945 yılında Eskişehir Alaeddin Camii’nde bir depo müze oluşturulmuştur. 1966 yılında Odunpazarı Semtinde bulunan Kurşunlu Camii ve Külliyesi’nde Eskişehir Müze Müdürlüğü resmen kurulmuş, teşhir ve tanzimi hizmete açılmıştır. 1974 yılında ise Akarbaşı Mahallesi, Atatürk Bulvarı üzerinde yapılan binasıyla çalışmalarını sürdürmüştür. Mevcut müze binasının, depo ve teşhir alanları açısından yetersiz kalmasından dolayı 28 Şubat 2007 tarihinde, Eti Gıda Sanayi ve Ticaret A.Ş. sponsorluğunda çağdaş müzecilik anlayışına uygun olarak yeni bir müze projesi hazırlanması için Bakanlığımız ile Eti Gıda Sanayi ve Ticaret A.Ş arasında protokol imzalanmıştır. 27 Temmuz 2008 tarihinde eski müze binası yıkılarak inşaata başlanmıştır. Eti Gıda Sanayi ve Ticaret A.Ş. sponsorluğunda yapımı, teşhir-tanzimi ve çevre düzenlemesi tamamlanan müze, 28 Mayıs 2011 tarihinde ziyarete açılmıştır. Eskişehir Eti Arkeoloji Müzesi, ülkemizde özel sektör tarafından hayata geçirilen ilk müze olarak nitelendirilmektedir.
Eskişehir ETİ Arkeoloji Müzesi satın alma, bağış ve müsadere yoluyla gelen eserler ile ağırlıklı olarak Eskişehir’de bulunan ören yerlerinde gerçekleştirilen kazı ve yüzey araştırmaları sonucu ele geçen eserlerden oluşan bir koleksiyona sahiptir. Müze teşhirinde yoğunluk olarak Dorylaion (Şarhöyük, Eskişehir-Merkez), Pessinus (Sivrihisar-Ballıhisar), Han Yeraltı Şehri, Yazılıkaya, Keçiçayırı, Çavlum Köyü Eski Hitit Nekropolü (Merkez-Alpu yolu), Demircihöyük (Çukurhisar yakınları), Küllüoba (Seyitgazi-Yenikent) gibi yerlerde yapılan bilimsel arkeolojik kazılar önemli buluntuları ile birlikte kronolojik olarak sergilenmektedir. Sergilenen eserler arasında mermer heykel ve heykelcikler, mimari parçalar, steller, pişmiş toprak günlük kullanım kapları, idoller, cam kaplar ve boncuklar, metal kap ve silahlar, takılar, sikkeler bulunmaktadır.